Então Tainá, existem uma partes secas que se grudam ao vidro do aquário com ventosas mas não são muito baratas, pode também arrumar um pedaço de vidro e colar com silicone, só fica ruim na hora de limpar e se um dia quiser subir o nível d'água também vai ficar meio ruim...
Quanto a quantidade de água pode colocar a vontade, a tartaruga mesmo sendo pequena não vai se afogar, tendo um lugar onde ela possa se apoiar (parte seca, rampa, plantas) para descansar, já está ótimo.
Quanto as pedrinhas se forem muito pequenas tem perigo sim dela comer, se forem maiores que a boca dela ai não, apesar de acumular bastante sujeira.