O local onde estão instaladas tem espaço suficiente para todas elas? As tartarugas são adultas?
Muitas vezes o melhor é mesmo separá-las, pois o macho poderá ferir a fêmea, quanto maior for o espaço onde estão, normalmente não haverá tanta agressão, e mesmo assim é preciso ter cuidado, por isso, é melhor ir observando esses comportamentos.