Bom dia.
Nesta altura, e uma vez que o tempo já começa a ficar mais quente, a hibernação das tartarugas não é tão profunda.
Logo, e na minha modesta opinião, podes tirá-las do aquário e colocar numa banheira com água fria corrente enquanto lavas o aquário.
Depois é só encher novamente o aquário com água fria e colocar novamente as tartarugas no seu interior.
Tranquilo.