Pode ser ar dentro do sistema, nomeadamente junto às pás. Tenta, sempre com o sistema mergulhado, abanar um bocado para libertar o ar.
Também pode ser mesmo assim, dependendo dos materiais de construção umas são mais silenciosas que outras.
Verifica ainda se não é vibração contra o aquário. Se a segurares ou largares no meio do aquário em vez de estar presa ao vidro faz o mesmo barulho? Se não fizer, é vibração transmitida. Não sei é como se pode resolver isso mantendo a bomba presa ao vidro.