Veterinário em Lisboa... não te sei indicar.
Mas uma das minhas corcundas já teve dessas manchas (fungos) e o que a minha veterinária (que não é especialista em reptéis) aconselhou foi:
- mudanças de água frequentes,
- escovar a carapaça uma vez por semana,
- colocar numa gaze ou cotonete betadinde diluida em água (50/50), passar na carapaça e nos locais onde estão as manchas e deixá-la num sítio seco durante 30 minutos (para a betadine actuar). Repetir, uma vez por dia.
- apanhar sol directo.
A minha Valentina até perdeu duas unhas... mas depois, devagarinho, foi melhorando.
O processo pode durar várias semanas!
Mas acho melhor, antes de fazeres alguma coisa, esperares que alguém da tua zona te indique um veterinário.
Boa sorte!!