Deves tentar perceber com que frenquencia terás de fazer a limpeza, pois não existe uma regra. Depende muito da sujidade que a tartaruga fizer, da quantidade de comer desperdiçada, da decoração, da eficácia do filtro, etc.
O filtro é simples, é abrires e veres se está muito sujo, mas sinceramente com 15lt de água, uma tartaruga pequena e um filtro de 100L/h isso dá sei lá para um mês sem limpeza ou algo parecido, as tartarugas em pequeninas sujam tão pouco e o filtro tem capacidade para limpar isso eficazmente.
Essa sujidade a que te referes no fundo não será comida desperdiçada? Se for, é um questão de evitares isso.
A água não deve ser muda toda de uma vez. Deves fazer TPA's (trocas parciais de água), retiras metade da água e colocas água nova. Para sujidades no fundo tens sempre os aspiradores de fundo, é uma questão de procurares nas lojas, ou até online e veres se achas que te servirá.